Fototrampeo en R: Organización y análisis de datos, Volumen I

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Objetivos del libro

El libro Foto-trampeo en R tiene los siguientes objetivos:

  1. Organizar las fotos de manera más eficiente y sencilla.

  2. Aplicar diferentes programas y paquetes R.

  3. Analizar la información para diferentes objetivos como: estimar la ocupación, abundancia y densidad poblacional; la actividad y traslape; y la riqueza y diversidad de especies; y otros temas relacionados con el diseño y muestreo.

  4. Conocer libros, artículos y recursos en internet sobre el foto-trampeo.

Origen del libro

La idea del presente libro tiene tres orígenes o motivaciones:

Usuarios potenciales

El libro Foto-trampeo en R está dirigido a estudiantes de ciencias biológicas, profesionales y técnicos dedicados al estudio y manejo de fauna; así como para personas con interés en actualizarse en las temáticas aquí tratadas. Si bien no hay ningún requisito previo, preferentemente los interesados deben tener nociones básicas de ecología general y conocimientos de estadística elemental. Asimismo, es deseable que tengan nociones básicas del empleo del programa R.

En este sentido, este libro surge como una propuesta para dar a conocer y recopilar herramientas que permiten una mejor organización de la información obtenida por foto-trampeo y de paqueterías estadísticas con las cuales es posible analizar la información de acuerdo con los objetivos de estudio, como lo es R y las paqueterías asociadas. Hemos buscado crear un libro de “cabecera” para quienes desean ser más eficientes en el manejo de la información obtenida por foto-trampeo, para aquellos que inician en los análisis de esta información, y también para aquellos que ya tienen experiencia, pero quieren profundizar en los análisis clásicos y nuevos.

Estructura del libro

El volumen I del libro Foto-trampeo en R: organización y análisis de datos está integrado por 13 capítulos organizados en cuatro secciones o partes.

Parte I: Foto-trampeo y R. En esta sección se introduce de manera general el empleo de las cámaras-trampa enfatizando tres aspectos fundamentales: ¿para qué se quiere emplear el foto-trampeo?, ¿qué aspectos generales se deben considerar para el muestreo? y ¿qué es lo que se está realmente detectando con las cámaras?

Parte II: Organización y gestión de fotos. Esta sección está integrada por tres capítulos que en conjunto tratan de responder las preguntas ¿cómo organizar las miles de fotos de manera que sea sencillo etiquetarlas, almacenarlas y luego consultarlas?, ¿qué programas existen para este fin? y ¿cómo generar archivos de esta información que puedan luego emplearse en otros programas y paquetes R para el análisis numérico y estadístico? Entre las diferentes opciones, basado en nuestra experiencia, el empleo de DigiKam y camtrapR pueden ayudar a resolver de manera muy eficiente estos aspectos. Alternativamente, el programa WildID es muy amable y sencillo de emplear para estos mismos objetivos. Parte III: Análisis de riqueza, diversidad y abundancia relativa. Esta sección está integrada por cuatro capítulos. Para analizar la información a nivel de riqueza y diversidad, en tres capítulos se describen los paquetes BiodiversityR, vegan e iNEXT. Para el cálculo de los llamados índices de abundancia relativa, en el cuarto capítulo de esta sección se introduce el paquete RAI en desarrollo.

Parte IV: Análisis de actividad y uso de recursos. Esta sección está integrada por cinco capítulos. En los dos primeros se introducen los paquetes overlap y circular para analizar datos de actividad. Mientras que en los dos últimos se emplean varios paquetes como ggplot2 un excelente graficador, data.table, dplyr, tidyverse y otros para procesar datos de cámaras colocadas en recursos específicos que atraen a la fauna como son los bebederos y los árboles fructificando.

Contenido de los capítulos

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Datos y códigos empleados en los ejemplos

El presente libro está concebido como una guía práctica donde se introduce el empleo de varios paquetes R. Para esto, empleamos un conjunto de datos modificados de nuestros proyectos de investigación. Es importante mencionar que el libro no se enfoca en la interpretación o reportar los resultados de casos de estudio particulares, sino que emplea un conjunto de esos datos para ejemplificar el empleo de los diferentes paquetes. En este sentido, el lector podrá bajar el archivo .zip que contiene todos los datos y los códigos de cada uno de los capítulos. Además, en las carpetas se incluyen las figuras a color publicadas en escalas de grisis en la versión impresa del libro. Se sugiere visitar el repositorio del libro en GitHub en la siguiente dirección:

https://github.com/SMandujanoR/Foto-trampeo-R-Vol_I

Luego donde dice Clone or download bajar el .zip. Una vez que esté en su computador, se sugiere crear un proyecto en RStudio con todos los capítulos, o bien un proyecto por capítulo.

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En este repositorio encontrarán todo el Material Suplementario (códigos R, .csv, imágenes) necesario para ejectuar los ejemplos del libro. El material está organizado en carpetas que corresponden a cada capítulo del libro Foto-trampeo en R: Vol I.

1) Se sugiere que se clone y bajen todos los capítulos como .ZIP 2) Luego crear un proyecto RStudio (.Rproj) ya sea de todo el libro o bien uno por capítulo. 3) Una vez que se tenga esto podrá ejecutarse cada código R tal como aparece en el libro. 4) Para esto se ha incluido uno o más archivos .csv con los datos de prueba. 5) Adicionalmente, en los capítulos se han incluido en color las figuras de cada capítulo. 6) Se sugiere ejecute los códigos empleando los códigos R y datos aquí anexados. 7) Posteriormente, puede sustituir con su propios datos cada .csv para analizarlos dependiendo de los objetivos. 8) Para instalar los paquetes que se emplean en este libro se sugiere ejecutar el código de la carpeta instalar paquetes o bien copiar las siguientes líneas y ejectuarla en un nuevo script o código:

paquetes <- c("imager", "vegan", "unmarked", "secr", 
"agricolae", "wiqid", "SPACECAP", "jagsUI", "iNEXT", 
"BiodiversityR", "overlap", "circular", "camtrapR", 
"rgdal", "ggplot2", "PerformanceAnalytics", 
"RColorBrewer", "MASS", "MuMin",   "bibtex", "dplyr", 
"ade4", "adehabitatHR", "adehabitatLT", "agricolae", 
"akima", "boot", "chron", "dunn.test", "ggExtra", 
"ggplot2", "gtools", "jagsUI", "KernSmooth", 
"maptools", "MASS", "mgcv", "overlap", "plotrix", 
"raster", "RColorBrewer", "reshape", "rgdal", 
"rgeos", "rmarkdown", "scrbook", "secr", "sp", 
"survival", "survminer", "tree", "unmarked", 
"vegan", "wiqid", "maps", "GIStools", "WDI", 
"Scales", "shapefiles", "RgoogleMaps", "tidyverse",
"data.table", "reshape2", "effects")
  
pkgs_miss <- paquetes[!(paquetes %in% 
                        installed.packages())]
    
if(length(pkgs_miss)>0L)
      install.packages(pkgs_miss, repos = 
      "https://cloud.r-project.org/", 
                          dependencies = TRUE)

Libro dinámico

El libro Foto-trampeo en R es un fiel reflejo de lo que tratamos de enfatizar: R es un excelente recurso para organizar, analizar y reportar los datos y resultados del foto-trampeo. Este libro fue escrito completamente desde R empleando los paquetes RMarkdown y bookdown ejecutados desde la plataforma Rstudio.

Contacto

Si encuentras algún error o tienes problemas para ejecutar algún código, no dudes en contactarnos en:

¡Esperamos el libro sea de mucha utilidad para todos ustedes, saludos…!